Program studi Magister Manajemen Pendidikan Islam (MPI) merupakan satu program studi pada Pascasarjana Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddin yang diselenggarakan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 2254 Tahun 2013 Tentang Transformasi Konsentrasi Menjadi Program Studi pada Program Magister Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar Tahun 2013. Sejak berdirinya Program studi telah menelorkan alumni sebanyak 43 orang (sampai 30 Agustus 2018). Program studi ini awalnya merupakan salah satu konsentrasi pada Program Studi Magister Pendidikan Islam Program Pascasarjana UIN Alauddin. Konsentrasi tersebut selanjutnya diusulkan menjadi program studi yang berdiri sendiri, karena didasari oleh banyaknya permintaan dari instansi dan masyarakat. Salah satu diantara permintaan tersebut, yaitu berasal dari Kementerian Agama RI yang membuka peluang kerjasama untuk beasiswa pendidikan lanjut bagi guru dalam jabatan pengawas. Hingga saat ini September 2018 jumlah mahasiswa yang terdaftar di Program Studi Magister MPI sebanyak 151 orang.